La Guerra del Sacro Graal. Un conflitto al quale sette maghi partecipano e che nell'occasione assurgono al titolo di Master. Ogni Master per l'occasione evoca un particolare "familiare" dagli immensi poteri e che può appartenere ad una delle sette classi concesse. Questi familiari altro non sono che gli spiriti di eroi passati la cui vera identità può rimanere celata persino al loro evocatore: essi, nella guerra per il Sacro Graal assumono il ruolo di Servant.
Ogni mago che si consideri tale deve prepararsi all'evento, che si ripete ad intervalli di dieci anni e che vede i prescelti combattere fra loro, attraverso i Servants evocati, per il possesso del Sacro Graal, una reliquia prodigiosa capace di concedere qualsiasi cosa il suo vincitore desideri.
Shiro Emiya è il figlio adottivo di uno dei precedenti pretendenti al Sacro Graal, Kiritsugu Emiya, un uomo gentile i cui insegnamenti sono tenuti in grande considerazione dal giovane, che ha il pallino di diventare un "eroe della giustizia".
Shiro però non ha particolari poteri magici e quindi non è stato mai iniziato ai misteri del conflitto del Sacro Grail dal padre adottivo che oltretutto è venuto a mancare diverso tempo prima.
Al contrario di Shiro invece, Rin Tosaka è dotata di grandissimi poteri e si sta già preparando al conflitto oramai imminente. Discendente di una storica famiglia di maghi, Rin frequenta la stessa scuola di Shiro, dove è ammirata e stimata da tutti e dove ovviamente tiene la sua vera natura celata. Rin è già in possesso del servant di classe Archer, sebbene le sue mire originali fossero per il Saber (considerato da lei il più potente) e ovviamente si è già attivata per scoprire le identità degli altri Masters, le "azioni" dei quali hanno già cominciato lentamente a "mostrare" nefasti effetti.
Improvvisamente Shiro si ritrova catapultato all'interno del della sacra guerra contro la sua volontà ma quando le cose sembrano volgere al peggio i suoi poteri sembrano in qualche modo risvegliarsi e ciò gli permette di evocare il suo Servant: una bellissima fanciulla in armatura che si presenta come Saber.